1 課程內容的變化
1.1 必修部分的變化
1.1.1 課程內容組成上的變化
新的高中生物學課程拋棄學科體系，綜合考慮高中學生的發展、社會發展和生物科學的發展需要，對原教學大綱的教學內容進行刪減、增補和整合，精選出三個模塊，即生物1(分子與細胞)、生物2(遺傳與進化)、生物3(穩態與環境)。
1.1.2 課程內容的具體變化
《分子與細胞》模塊整合了大綱教學內容中的“生命的物質基礎”、“生命活動的基本單位”及“生物的新陳代謝”三個章的內容，刪掉“生物的新陳代謝”一章中“植物對水分的吸收和利用”、“植物的礦質營養”、“人和動物體內三大營養物質的代謝”和“新陳代謝的基本類型”四節的內容，增加了“說明生物大分子以碳鏈為骨架”、“分析細胞學說建立的過程”、“使用顯微鏡觀察多種多樣的細胞”、“研究影響光合速率的環境因素”、“探討細胞呼吸原理的應用”、“討論惡性腫瘤的防治”及“細胞膜系統結構功能”、“細胞的凋亡”等內容。
《遺傳與進化》模塊整合了原大綱教學內容“生殖和發育”、“遺傳和變異”及“生物的進化”三章內容。刪掉第五章中“生殖的類型”和“個體發育”兩部分，增加“關注轉基因生物和轉基因食品的安全性”、“探討人類遺傳病的監測”、“關注人類基因組計劃及其意義”等內容。
《穩態與環境》模塊整合了大綱教學內容必修部分中“生命活動的調節”、“生物與環境”與“人與生物圈”三章內容。刪掉“生物圈穩態”中部分內容，及“動物行為產生的生理基礎”、“生態因素”等內容。增加了“探索動物激素在生產中的應用”、選修本“人體生命活動的調節和免疫”(第一章)、“群落的演替”及“生態系統的信息傳遞”等內容。
在三個必修模塊中保留了原來必修部分十二個實驗中的七個，補充十五個，合計有22個實驗，此外，在《課標》活動建議部分還增加了八個搜集資料活動、六個調查活動及一個參觀活動、一個學生討論活動。
1.2 選修部分的變化
三個選修模塊除基因工程、細胞工程、微生物和發酵工程、酶工程等少數的內容來自原大綱教學內容的選修部分，其余絕大多數內容都是全新的。選修模塊共有14個實驗，除“DNA粗提取和鑒定”這個實驗外，其余13個實驗全部集中在選修1(生物技術實踐)，都是全新的內容。
1.3變化的特點
新課程內容變化的特點是內容多而新，實驗內容及其他活動多，體現生物科學的時代性和實踐性，注重生活性，強調情感、態度和價值觀。
2 課堂教學的難點
2.1 課堂教學的組織
2.1.1 面向全體學生
面向全體學生的課程觀念要求教學要給所有的學生提供同樣的學習機會 ，滿足不同學生的需求，使所有學生都能達到《課標》規定的基本要求。面對知識基礎差異的學生，特別是選修課上的學生，如何組織課堂教學，才能體現向全體學生呢？有專家提出如下建議：1、精心設計問題，讓每個學生都有事可做；2、課堂提問及練習既要有針對性，又要有全面性；3、努力改進教學方法，調動全體學生的積極主動性；4、布置給學生的作業要根據難易程度分級編組。雖然有專家的建議，但在具體操作上仍不乏難度。
2.1.2 探究性活動
科學既是一個知識體系又是一個探究過程，倡導探究性學習是普通高中生物新課程的一個基本理念，《標準》建議“在教學中教師應該讓學生親歷思考和探究過程，領悟科學探究的方法”。在探究性學習的課堂上，教師講解的時間不多，更多的時間留給學生進行獨立的自主探究，教師在這個過程中要進行富有創造性的指導。探究性學習的指導是一門嶄新的教學藝術，他不僅涉及教育心理學，學習心理學等教學理論，還涉及組織、引導、指導等方面的技術，如何進行行有效的指導以及如何在有限的課時中既完成大量教學內容，又騰出時間讓學生自主探究，這將是探究性學習教學組織的難點所在。對于時間問題，有專家建議：1、把完整的探究活動和局部探究活動相結合；2、把課內探究和課外探究相結合。對于探究性活動的組織，《課標》也提出一些建議(詳見《課標》實施建議部分)，但建議歸建議，具體操作上仍是困難很大。
2.2 教學內容的處理
課程標準是根本，教材是在《課標》基礎上再創造的結果，任何一本教材都無法適應不同地區的所有學生。同樣，我們所選用的教材(人教版)雖然對現行教材有一定的繼承性，但畢竟有不少變化，比如教材中的完整探究性活動過程不一定都適應我們的學生，這就要求我們在課堂教學中要創造性地使用教材，根據《課標》及學生情況對教材的教學內容進行取舍。
另外，由于高中教學都要面對高考，因而，如何取舍教材還要考慮高考的需要。顯然如何創造性的使用教材，也是一個教學難點。
2.3 實驗課的開課率和效率
新課程的實驗課比重明顯增大，實驗內容新，完成實驗所需的條件較高。受到實驗室條件的限制，有些實驗內容在短時間內還沒法開課，特別是選修1的實驗，比如DNA擴增需要DNA擴增儀，這得在實驗室建設逐漸完善之后才能開課。
新課程的學生實驗可分為三類：第一類是以實驗操作技能訓練為主的技能性實驗，如觀察細胞中的DNA和RNA、酶及DNA的提取；第二類是以檢驗已知的事實、概念或原理的真實性為主的驗證性實驗，如驗證植物細胞的質壁分離及復原、觀察有絲分裂等；第三類是以引導學生通過探究獲得新知識和接受科學方法訓練為主的探究性實驗，如探究影響酶活性的因素、葉綠體中色素的提取和分離等。
每一類實驗都有其特定的基本程序，如驗證性的實驗的基本程序是確定論題、獲得論據、進行論證；探究性實驗的基本程序是提出問題、作出假設、制訂計劃、實施計劃、得出結論和表達、交流。因而每一類實驗活動的完成各有難度，如第一類實驗主要難度在于學生操作技能的掌握教學上，每二類實驗除操作上難度外，論證過程的教學也需要教師進行科學的設計，第三類實驗主要難度在于組織上。顯然，要上好實驗課，不僅需要教師有較好的實驗操作技術和嚴密的邏輯推理能力，還需要教師有較強組織能力。這對于絕大多數教師來說，都不是一件容易的事。
2.4 針對學生的課堂教學評價
在《標準》所倡導的改革中，教學評價改革處于十分重要的地位。鑒于傳統評價方法重結果輕過程，重知識輕情感、態度等缺點，《標準》對課堂評價提出如下建議：1、重視學習過程的評價，建立學生學習記錄卡；2、在不同的教學方式中采取不同的評價策略；3、對紙筆測驗進行適當改革；4、根據學生實際操作情況，評價學生的實驗操作技能；5、從多個側面評價學生的探究能力等。這些評價建議中，除對紙筆測驗進行適當改革及對學生的實驗操作技能進行評價外，其余評價方式都是全新的，因而，在實驗內容多、難度大、教材量大的課堂教學中，如何安排時間有機地使用多種評價方式對學生進行課堂評價，以最大限度地激勵學生，促進學生的發展，也是課堂教學的難點之一。
2.5 選修模塊的選修率及課堂效率
影響選修模塊選修率的因素有：必修模塊教學對學生學習生物學興趣的影響(或學生對教師教學的認同程度)、學生對選修模塊興趣程度、選修模塊實驗開課率、學生對選修模塊教學認同度、學科選修廣告的的煽動性、其它學科選修模塊影響及高考的需要等。可以看出在這些因素中，課堂教學是至關重要的一個影響因素。與物理、化學相比，同樣做為實驗科學，生物實驗設備不足、實驗教學資源緊缺、高考對實驗教學的沖擊，以及因而產生的對實驗教學的長期忽視導致的學科教師實驗教學經驗和能力水平的有限，將嚴重影響生物學科課堂教學的魅力，從而影響選修模塊選修率。
與大綱選修部分教學內容相比，新課程選修模塊的內容新、難度大、容量多的特點，對于選修模塊的教學都是很大的挑戰，在短時間內一個教師要適應三個選修模塊的教學，困難很大。對此，有學者建議先嘗試教師分工，一個人上一個模塊；但若選課人數不平衡也可一個模塊由多個教師來上，或外聘部分教師授課。即便如此，每位教師仍應加強培訓學習，以勝任選修模塊教學。
